Anche papa Francesco, da buon gesuita, aveva scherzato sul fatto di aver assunto il nome del fondatore dei francescani sapendo bene che era stato proprio un francescano, papa Clemente XIV, a sopprimere la Compagnia di Gesù.
Un’operazione, dettata soprattutto dal timore dell'influenza che i gesuiti avevano nella formazione dei giovani delle classi sociali più alte e in genere nelle scoietà in cui operavano, che era cominciata già qualche anno prima, sotto Benedetto XIV, in un’epoca in cui la Compagnia di Gesù vantava 22.559 gesuiti divisi in 42 province e 669 collegi, 176 seminari, 359 case residenziali, 273 case residenziali e 1.277 chiese. I primi ad espellere i gesuiti dal loro Paese furono i portoghesi, con il marchese Pombal, primo ministro, che era entrato in aperto conflitto con i gesuiti soprattutto a causa dei nuovi confini brasiliani. I portoghesi avevano annesso al Brasile interi villaggi dove operavano i gesuiti e che si erano sollevati in massa contro la decisione. Accusati poi di essere coinvolti nel fallito attentato a Giuseppe I del 1758. Agli inizi del 1759 il re ordinò di confiscare tutte le proprietà dell'ordine e pochi mesi dopo ne decretò l'espulsione.
Come in un domino i gesuiti furono poi espulsi dalla Francia, dove il Parlamento, nel 1761, ordinò di bruciare pubblicamente le opere di ventitré gesuiti e di chiudere i loro collegi. Dalla Spagna vennero cacciati nel 1767 accusati falsamente di essere gli istigatori di una rivolta e di tramare contro Carlo III. Gli altri Stati borbonici imitarono l'esempio spagnolo nello stesso anno: Ferdinando IV li espulse da Napoli e dalla Sicilia, nel novembre 1767 e il duca di Parma, Ferdinando, li cacciò dal suo stato nel febbraio del 1768. Fu sotto la pressione dei sovrani borbonici che, alla fine, anche il Papa capitolò. Clemente XIV soppresse la compagnia con il breve Dominus ac Redemptor del 21 luglio 1773. La soppressione dei gesuiti a Roma venne eseguita il 16 agosto del 1774 e il generale dei gesuiti, Lorenzo Ricci venne incarcerato a Castel Sant’Angelo dove morì il 24 novembre 1775. A dare una mano ai gesuiti ci pensò la zarina ortodossa Caterina II, che si rifiutò di dare esecuzione al “breve” di soppressione. Fu così che, grazie anche all’aiuto dei luterani i gesuiti, che comunque obbedirono al volere del Papa, riuscirono a mantenere lo spirito dell’ordine fino alla successiva ricostituzione del 1814. Pio VII aveva approvato segretamente, nel 1793, i gesuiti della Russia bianca. L’approvazione era divenuta pubblica nel 1801 con il breve Catholicae fidei. Nel 1803 il Papa approva l'attività dei gesuiti in Inghilterra, il 30 luglio 1804, con il breve Per alias, Pio VII ristabilisce la Compagnia a Napoli e in Sicilia. E, infine, Con la bolla Sollicitudo omnium ecclesiarum del 30 luglio 1814 ripristina la Compagnia di Gesù in tutto il mondo.
Il Papa si era deciso a questo passo perché, spiega lui stesso: «Ci crederemmo colpevoli di gravissimo delitto al cospetto di Dio se, di fronte alle grandi necessità universali non volessimo servirci di quei salutari aiuti che Dio, per sua singolare Provvidenza, ci presenta, e se noi, collocati nella navicella di Pietro, agitata e sconvolta da frequenti nembi, rigettassimo esperti e validi rematori che si presentano spontaneamente a noi per rompere i flutti di quei marosi che in ogni istante ci minacciano di naufragio e di rovina». E più avanti scrive: «Ordiniamo e stabiliamo che tutte le concessioni e facoltà da noi unicamente già date per l'Impero Russo e per il Regno delle due Sicilie, ora s’intendano estese, come veramente le estendiamo a tutto il nostro Stato ecclesiastico, ed egualmente a ogni altro Stato e dominio».