E' intitolato a Carlo Magno (742-814), re dei Franchi, fondatore del Sacro romano impero, colui che pose molti territori sotto un solo potere e scelse come capitale una città tutto sommato centrale come era ed è Aquisgrana, l'attuale Aachen, in Germania, un sovrano da sempre considerato il primo artefice dell'Europa unita perché capace di gettare un ponte tra il passato e il futuro del Vecchio Continente, tra la Roma imperiale e la storia che si sarebbe dipanata per secoli fino al Novecento, l'insanguinato secolo breve.
A volerlo, nel Natale 1949, fu un gruppo di cittadini di Aquisgrana che diede vita a un'apposita fondazione: dall'anno successivo, il 1950, il premio Carlo Magno viene assegnato a personalità particolarmente impegnate a favore della pace, dell'unità e dell'integrazione europee. Insieme all'attestato viene consegnata una medaglia raffigurante l'immagine di Carlo Magno sul trono, immagine tratta dal più antico sigillo della città. La parte conclusiva della cerimonia, che prevede anche il conferimento di un premio simbolico pari a 5.000 euro, consiste nel discorso tenuto dal vincitore.
Tradizionalmente il conferimento del premio ha luogo il giorno dell'Ascensione nella sala delle incoronazioni del municipio di Aquisgrana. La scelta del vincitore/vincitrice spetta al Consiglio di amministrazione della Fondazione internazionale Premio Carlo Magno di Aachen, che annovera - tra gli altri - anche il sindaco della città. Tra il 1950 e oggi, il Premio è stato assegnato, tra gli altri, anche ai fondatori dell'Unione europea - l'italiano Alcide De Gasperi (1952), il francese Jean Monnet (1953), il tedesco Konrad Adenauer (1954), il belga Paul-Henri Spaak (1957), il francese Robert Schuman (1958) -, a frère Roger Schutz di Taizé (1989), ad Andrea Riccardi e alla Comunità di Sant'Egidio (2009). Nel 2002 il riconoscimento andò all'Euro. Francesco non è il primo Papa a ricevere il Premio Carlo Magno: nel 2004, l'anno prima di morire, lo ricevette anche Karol Wojtyla, papa Giovanni Paolo II.