Non tutti, tra chi è particolarmente legato al santo del Gargano, sono a conoscenza del profondo legame che lo unì alla Madonna di Fatima. Il trasporto per l’effigie della Vergine col grande cuore vermiglio, traboccante d’amore, san Pio lo esprimeva quotidianamente, inginocchiandosi e pregando nel santuario a lei dedicato all’interno del monastero, dinanzi a una sua grande raffigurazione attorniata da candele accese. Ma soprattutto egli attribuì all’intervento della Madonna di Fatima l’aver avuto salva la vita.
Era il 1959 e la Conferenza episcopale italiana annunciò un anno di preghiera in preparazione al nuovo decennio. Per segnare l’evento, la statua di Maria “Vergine Pellegrina”, com’era apparsa ai pastorelli portoghesi, il 25 aprile di quell’anno, fu prelevata dal santuario di Fatima e portata in diverse città italiane. Proprio quello stesso giorno padre Pio cadde ammalato e restò bloccato a letto con una grave pleurite essudante. Si è parlato anche di un tumore maligno che non gli lasciava alcuna speranza di sopravvivenza, ma è rimasta una voce mai confermata.
Nel maggio del 1959 le condizioni del futuro santo erano così gravi che non poteva più neanche celebrare la Santa Messa in chiesa, ma nella sua stanza. Dalla sua camera, per mezzo del microfono, ascoltava le funzioni che si tenevano in chiesa e dopo quella della sera rivolgeva ai fedeli un breve discorso, concludendo con la benedizione. Il 1° e il 2 luglio dello stesso anno, a San Giovanni Rotondo, si svolgevano con grande solennità le celebrazioni per la consacrazione della nuova chiesa, presenti il cardinale Tedeschini e monsignor Carta, ma padre Pio non poté essere presente. Racconta, nella Cronistoria Padre Raffaele da Sant’Elia a Pianisi: «Il 1° luglio, [padre Pio] volle col permesso del padre guardiano e per non essere di aggravio alla comunità, provare quella mattina ad andare a celebrare nella Casa Sollievo e vi andò; ma appena finita la Messa, debole come stava, gli vennero meno le forze, ebbe una specie di abbandono con capogiro, dovette fermarsi in clinica e mettersi a letto in una stanza riservatissima, dove restò per due giorni sempre assistito dai religiosi. Queste erano le sue condizioni quando la statua della Madonna di Fatima arrivò».
Come segno di affetto e devozione verso il frate stigmatizzato, la Cei aveva deciso di far passare la statua della Madonna Pellegrina anche da San Giovanni Rotondo. Vi arrivò il 5 agosto, quarantunesimo anniversario della transverberazione (ossia la trafittura “mistica” del cuore) del frate, trasportata da un elicottero proveniente da Foggia. Nei giorni precedenti padre Pio, nel discorso serale che faceva dalla sua cella, aveva esortato i fedeli a prepararsi spiritualmente per la visita della “Madre celeste”, «il mare attraverso cui si raggiungono i lidi degli splendori eterni nel regno dell’aurora».
Davanti alla sacra effigie venuta dal Portogallo ci fu un’intera giornata di preghiera. La mattina seguente, 6 agosto, festività della Trasfigurazione, la statua, prima di essere portata in giro per i reparti della Casa sollievo della sofferenza, ed essere poi trasferita in elicottero dal tetto dell’ospedale stesso, fu portata nella sacrestia della chiesa del convento. Il futuro santo, seduto su una sedia, si fece portare lì e, nella commozione generale, si piegò per baciare la statua e mise il suo rosario, che aveva ricevuto in dono da uno dei gruppi di preghiera, nelle mani della Madonna. Poi fu ricondotto nella sua cella.
Il pilota dell’elicottero che avrebbe riportato la statua a Foggia e il suo secondo andarono dal frate per riceverne la benedizione. Poco più tardi, egli udì gli “evviva” della folla e il rumore del velivolo che decollava dal tetto dell’ospedale. I frati che accompagnarono padre Pio su una balconata della chiesa, vicino a una finestra, raccontarono che lui, mentre l’elicottero si alzava, in lacrime bisbigliò: «Madre, sono stato malato durante la tua visita in Italia. Ora te ne vai senza guarirmi?». I piloti dell’elicottero si stavano allontanando da San Giovanni Rotondo quando improvvisamente il secondo pilota, ubbidendo a un inspiegabile impulso, chiese di tornare indietro e girare tre volte sul convento in segno di saluto a padre Pio. In quello stesso istante, secondo Francesco Napolitano, il futuro santo sentì un brivido per tutto il corpo. Il suo corpo fu penetrato da un raggio di luce ed egli, piangendo, gridò: «Sono guarito! La Madonna mi ha guarito!». In effetti, secondo varie testimonianze, da tempo non si era mai sentito così sano e vigoroso come dopo la partenza della statua della Madonna Pellegrina da San Giovanni Rotondo. «Ringrazia la Vergine di Fatima per me», scrisse successivamente a uno dei suoi figli spirituali. «Il giorno stesso in cui Ella andò via da qui, mi sentii di nuovo bene. Sono tornato a celebrare la Messa già tre giorni or sono».
Padre Raffaele da Sant’Elia a Pianisi, che era presente quando il santo disse di essere guarito, mentre la Madonnina era ritornata a sorvolare il convento, ha raccontato: «Detto questo, abbassa il capo, mentre un brivido lo scuote e pervade tutto. Padre Pio ha ricevuto la grazia, e si sente bene. Il giorno dopo vuol celebrare in chiesa, ma quasi tutti glielo sconsigliano. Intanto la sera, provvidenzialmente, arriva il professor Gasbarrini, che lo visita minuziosamente, lo trova guarito clinicamente, e dice ai padri presenti, tra i quali ero anch’io: “Padre Pio sta bene, e domani può celebrare liberamente in chiesa”. Quale giubilo per noi e per il popolo tutto. In breve si diffuse la notizia che la Madonna di Fatima aveva ridonato la vita a padre Pio; e da quel giorno egli riprese tutte le sue attività nell’apostolato: Messa e Confessioni come per il passato. Ci fu qualche voce stonata che voleva negare il miracolo; ma egli diceva: “Lo so io se sono o no guarito, e se è stato un miracolo della Madonna; sono io che devo giudicare”. Tutte le volte poi che raccontava questo portento, non poteva arrivare in fondo che cominciava a piangere».
Sarà poi lo stesso padre Agostino da San Marco in Lamis, amico e direttore spirituale di padre Pio fin dagli anni di seminario, a confermare la guarigione immediata: «In un momento il padre si sentì come una forza misteriosa nel suo corpo e disse ai confratelli: “Sono guarito”». E il dottore Giuseppe Sala, che lo visitò subito dopo, scrisse nel 1971: «In quel tempo, il padre era già clinicamente guarito dalla pleurite essudativa; si prevedeva una convalescenza, che si sarebbe potuta protrarre per mesi e mesi, obbligando il paziente a sospendere la consueta attività. Padre Pio si riprese in modo inaspettato».