Quinta di otto figli, nata a Sancey-le-Long, in diocesi di Besançon, il 27 novembre 1765, fin da piccola avvertì la vocazione religiosa, ma dopo la morte della mamma nel 1781, da lei assistita con dedizione, dovette collaborare a mandare avanti la famiglia. A sedici anni fece voto di verginità spontaneamente, davanti alla statua della Vergine e soltanto nel 1787, dopo aver superato molte difficoltà e l’opposizione dei famigliari, entrò nella Compagnia delle Figlie della Carità, fondata a Parigi da san Vincenzo de’ Paoli e da santa Luisa de Marillac. Dopo tre mesi trascorsi nell’ospedale do San Lorenzo a Langres, fu ammessa al noviziato di Parigi durante il quale adempì tutti i compiti assegnatile, e dopo la vestizione religiosa, in attesa che passassero i cinque anni prescritti per professare i voti, fu mandata in diversi ospedali dove diede prova di grande laboriosità e di profonda umiltà.
A Parigi rimase fino al 3 ottobre 1793 quando, in piena rivoluzione francese, la Convenzione decise la soppressione della Compagnia. Rischiò anche la vita quanto fuggì per non prestare il giuramento alla Costituzione civile imposto alle religiose dal governo. Nel periodo del Terrore, vestendo abiti civili, aiutava i sacerdoti e i fedeli cattolici nelle prigioni di Besançon, curava gli ammalati arrivando a indossare, sotto i suoi vestiti, i paramenti della Messa che portava ad altri sacerdoti nascosti. Nel suo paese natale aprì anche una scuola libera gratuita di ispirazione cattolica, riuscendo anche ad assicurare le funzioni religiose in un granaio o in una grotta della campagna. Di notte conduceva i sacerdoti al capezzale dei moribondi per far loro amministrare gli ultimi sacramenti, sfidando l’ostilità dei comitati rivoluzionari davanti ai quali fu più volte citata per rendere ragione del suo comportamento. La sua coraggiosa dedizione a favore dei malati suscitò anche la gelosia dei medici, per cui decise di chiedere l’ammissione alla “Società del Ritiro Cristiano”, fondata in quegli anni nei pressi della Svizzera da padre Antonio Silvestro Receveur, ma che per l’incalzare delle truppe del Direttorio fu costretta a trasferirsi in Baviera e in Austria. Durante un pellegrinaggio al santuario mariano di Einsiedeln, un santo eremita confermò la santa nella sua vocazione alla carità.
A Landeron, in Svizzera, avvenne l’incontro con due preti francesi, Charles De Chaffoy, Vicario generale di Besançon, e François Bacoffe; il primo, come suo superiore, le ingiunse di tornare in Francia e di fondare un istituto per l’educazione della gioventù abbandonata e per la cura degli infermi. Prima ancora che finisse la Rivoluzione, Giovanna Antida diede vita a Besançon alla congregazione delle Suore di Carità sotto la protezione di san Vincenzo de’ Paoli. Le religiose il 15 ottobre 1800 si consacrarono a Dio nel servizio dei poveri. La comunità si sviluppò rapidamente di forza propria, non senza un opportuno chiarimento sul nome e sugli ambiti del loro apostolato con le Figlie della Carità. Con l’avvento di Napoleone e il Concordato da lui stipulato con Pio VII, le chiese furono riaperte al culto e l’arcivescovo di Besançon, mons. Claude Le Coz, fu riconosciuto dalla santa come superiore della Congregazione, suscitando l’ostilità del Bacoffe che fece di tutto per esautorarla; a difenderla intervenne lo stesso Le Coz che nel 1807 approvò le Costituzioni delle Suore di Carità e si adoperò nel 1810 perché il governo riconoscesse la nuova congregazione.
In quello stesso anno le suore furono chiamate nel Regno di Napoli da madama Letizia, la madre dell’Imperatore, e dal re Gioacchino Murat, e Giovanna Antida si stabilì nell’antico monastero di Regina Coeli. Ben presto sorsero altre case nel napoletano e in altre regioni d’Italia e al Papa Pio VII la santa chiese l’approvazione pontificia alle Costituzioni, dopo quella diocesana ottenuta in precedenza. La modifica di alcuni punti secondari della regola scatenò la tempesta nella curia di Besançon, dove a mons. Le Coz era succeduto mons. Gabriel Courtois de Pressigny, di chiare tendenze gallicane. Costui, spalleggiato dal De Chaffoy, fece sapere alla Thouret che non accettava nessuno dei cambiamenti introdotti da Roma e che non l’avrebbe più ricevuta, proibendo anche alle suore della diocesi di accoglierla nelle case da lei fondate.
Inutilmente la santa supplicò di essere ascoltata e anche quando la Santa Sede prese le sue difese, l’arcivescovo ne ignorò le direttive pretendendo che la congregazione rimanesse diocesana. Giovanna Antida decise allora di tornare in Francia per impedire la divisione tra le sue figlie, che aveva in precedenza esortato ad accettare le decisioni del Papa dicendo loro: «Io sono figlia della Chiesa, siatelo anche voi con me». Intanto a Besançon era stata eletta una nuova superiora generale e quando la Fondatrice si presentò alla Casa Madre, per otto giorni consecutivi non fu ricevuta e su quella porta rimasta ostinatamente chiusa ella depose un lungo bacio. L’istituto rimase così diviso in due rami, che continuarono a svilupparsi autonomamente. Tornata a Napoli, la santa visse nel dolore, ma pienamente abbandonata a Dio, gli ultimi tre anni della sua vita. Morì il 24 agosto 1826 in seguito ad una emorragia cerebrale, lasciando alle sue figlie come programma «la gloria di Dio e la santificazione dei suoi membri» da perseguire mediante le opere di misericordia, e come eredità l’eroica fedeltà alla Sede Apostolica e al Vicario di Cristo, dal quale si meritò giustamente l’appellativo di Filia Petri. Pio XI la beatificò nel 1926 e la canonizzò il 14 gennaio 1934. Nel 1954 i due rami della congregazione di riunificarono e oggi le Suore di Carità esercitano il loro apostolato in Italia, Francia, Svizzera, Inghilterra, a Malta, in Algeria, nel Medio Oriente, in America e nell’Indocina. Tra le sue Figlie, sono assurte alla gloria degli altari santa Agostina Pietrantoni (canonizzata il 18 aprile 1999), la beata Nemesia Valle (beatificata il 25 aprile 2004) e la beata Enrichetta Alfieri, definita “l’angelo di San Vittore”, beatificata il 26 giugno dello scorso anno.
